En el 2015, consiguió el título de la Copa Sudamericana con el Independiente Santa Fe y se ganó un nombre en Colombia. Por eso, en diciembre de 2017 Gerardo Pelusso fue anunciado como nuevo entrenador del Deportivo Cali. Sin embargo, esta vez no le fue nada bien al extécnico de Alianza Lima.
El uruguayo no logró los objetivos del 2018 y dejó a la 'Amenaza verde' eliminada de todas las competencias: solo pudo lograr una clasificación a cuartos de final de la Liga y en el segundo semestre quedó fuera de la Copa Sudamericana, la Liga y la Copa Águila.
Fue el propio club 'azucarero' quien informó sobre la salida del charrúa a través de un comunicado que lo compartieron en sus redes sociales.
El estratega de 64 años dirigió 39 partidos con el Deportivo Cali: ganó 17, empató 7 y perdió 15. En el 2015 alcanzó la gloria; este 2018 ni siquiera la rozó.